Pražskému biskupovi pak sloužil již dříve založený palác situovaný na západní straně baziliky, který se dochoval po řadě pozdějších přístaveb, renesančních a barokních úprav dodnes a stalo se z něj dnešní Staré proboštství, sídlo pražské metropolitní kapituly. Biskup přesídlil nejprve do biskupského dvora, vybudovaného u dnešní Malostranské mostecké věže Karlova mostu. Teprve od 16. století sídlí v dnešním Arcibiskupském paláci na Hradčanském náměstí. Nová bazilika pak byla propojena krytými chodbami se sousedním kostelem sv. Bartoloměje na jihu a bazilikou sv. Jiří na východě. Fragmenty zdiva těchto spojovacích chodeb se také dochovaly až dodnes v prostorách pod dlažbou III. nádvoří a nám. U sv. Jiří.
K záměru nahrazení rotundy podstatně větší a reprezentativnější bazilikou přispěly zejména rostoucí nároky na pražskou katedrálu. Ke sv. Vítu a Václavu přibyl hrob třetího světce a mučedníka, druhého pražského biskupa sv. Vojtěcha. Jeho ctitel a první císař Svaté říše římské Otto I. Veliký měl sice záměr nechat sv. Vojtěcha pohřbít v kostele na Tiberském ostrově v Římě v kostele, který je dnes zasvěcený sv. Bartoloměji. Dějinné okolnosti to však v plném rozsahu nedovolily a ostatky sv. Vojtěcha byly uloženy v samostatné kapli postavené před západním vstupem do svatovítské rotundy. Podle Kosmovy kroniky pak rotunda sv. Víta již nezvládala velký nával poutníků, což přimělo knížete Spytihněva k založení baziliky. Rozrůstala se však také pražská kapitula a česká knížata již patrně pomýšlela na zisk královské koruny. Podobně jako později při stavbě pražské katedrály však byla bazilika nejspíše stavěna nejprve vedle existující rotundy, k odstranění rotundy pak došlo v době, kdy byla rozestavěná bazilika schopna plnit základní liturgické účely. Výstavba však byla komplikovaná a novostavba v roce 1091 dokonce vyhořela. Přesto již o tři roky později byl dokončen a posvěcen její hlavní oltář a 14. dubna 1096 byla dokončená bazilika vysvěcena.
Hlavním stavebním kamenem pak byla opuka, světlý jemnozrnný sediment těžený v blízkosti Prahy, řada prvků a zejména pilířů však byla zhotovena z pískovce. Oproti současné gotické katedrále byla bazilika výrazně menší, nacházela se v severní části současného půdorysu a byla oproti němu viditelně vyosená, jihozápadní část baziliky se nacházela již zcela mimo obvod dnešní katedrály a její pozůstatky jsou dodnes viditelné ze III. nádvoří Pražského hradu pod vyvýšenou plošinou východně od budovy Starého proboštství.
Za pozornost také stojí samotný kapitulní dům, často nazývaný jako „klášter kostela pražského.“ Působila v něm totiž mimo jiné pražská katedrální škola. Studium zde dosáhlo časem takové úrovně, že mohlo plynule přejít ve studium univerzitní. Někdy je tato škola také považována již za jeden ze zárodků později založené Univerzity Karlovy. Působili na ní vyučující i studenti také ze zahraničí, již cca 30 let po vzniku pražské kapituly a biskupství zde působil např. mistr Hubald z Lutychu. Na škole vyučovali i samotní kanovníci naší kapituly a z jejich řad také pocházel samotný správce školy s titulem scholasticus. Tento titul se dodnes v kapitule dochoval a jeho nositelem je její čtvrtý prelát po proboštovi, děkanovi a arcijáhnovi. Zbytky kapitulního domu jsou již hůře přístupné, nicméně v královské hrobce můžeme vidět např. poměrně velkou část zdiva jeho ambitu a na základech jeho východní obvodové stěny byl postaven středový pilíř dnešní Staré sakristie naší katedrály.
Text: Ing. Ondřej Stříteský